Rabbi Yitzchak Zilberstein (Chashukei Chemed to Beitzah 32a) rules that according to all opinions, one may separate challahs that have been baked together, since there is no concept of Makeh Bepatish in foods:
שאלה: הוציאו מהתנור שתי לחמניות מחוברות, ובשבת רוצה לבצוע ולברך עליהם, האם מותר להפרידם, כדי לקיים לחם משנה?
תשובה נחלקו רבותינו אם צריך להפריד את החלות כדי לקיים מצוות לחם משנה, בספר מנחת שבת (בסוף ההשמטות לסימן עז) הביא את דברי השואל ומשיב (מהדו"ק ח"א סוף סימן קסז) שכתב ששני חלות שנדבקו באפיה, כיון שדעתו להפרישם זה מזה, אינן חיבור, ויוצא ידי חובת לחם משנה גם בהיותם דבוקים, מאידך בארחות חיים כתב שהמהרש"ם חולק עליו וס"ל דיש להפרידם, וטעמו מפני שאם אין צריך להפרידם, ממילא אין דעתו להפרידם ונחשבים כאחת, יעו"ש.
ויש להסתפק לדעת הפוסקים שצריך להפריד, האם מותר להפרידם בשבת, או שיש בזה איסור של מתקן מנא.
דהנה נחלקו רבותינו האם מותר להפריד גביעי לבן בשבת, בשלחן שלמה (סימן שיד ס"ט עמ' רה) התיר, וכתב שאין זה דומה למה שאסור להפריד כוסות ונרות הדבקים יחד (כמבואר ברמב"ם פ"ד מיו"ט ה"ח) שהתם הנרות דבוקים לכל ארכם ונראים ככלי אחד, ובכה"ג אסור להפרידם והרי זה כמתקן כלי, שמכלי אחד עשה ב' כלים, ודמי למבואר בביצה דף לב ע"א דאסור לחתוך פתילה או נר לשנים, דמתקן מנא, משא"כ בגביעי הלבן כל גביע עומד בפני עצמו, והם ניכרים ומופרדים, ודומים לב' גביעים, רק כדי שיהיה קל למוכרם, משאירים אותם מחוברים למעלה, ואין בהפרדתם משום תיקון כלי, יעו"ש.
מאידך בספר ארחות שבת (פי"א הערה ס) הביא את דעת מו"ח מרן הגרי"ש אלישיב זצ"ל לאסור זאת משום מכה בפטיש, משום שבהפרדת הגביעים מגיע הגביע לצורתו הרצויה.
ונראה דגם לדעת מו"ח זצ"ל אין בהפרדת הלחמניות איסור, משום שאין מכה בפטיש באוכלים, וכמבואר בביאור הלכה (סימן שיח ס"ד ד"ה בהדחתן) וז"ל: היוצא מדברנו דענין מכה בפטיש בדבר אוכל, הוא דבר חדש, שלא נמצא בפוסקים ואדרבה יש כמה סתירות ועל כן אין להחמיר.: