Ralbag addresses the issue of number of mitzvot in his commentary to Exodus Chapter 12 in the Sixth Lesson. He points out the following:
- R. Simlai in Makkot 23b expounds that there are 613 mitzvot – 248 positive commandments and 365 negative commandments.
- Rambam tried very hard to calculate the exact 613 mitzvot, and surpassed all his predecessors in this regard, but there are still many issues with what he did.
- The issues with Rambam's counting are not due to any flaw of Rambam's; rather the number 613 was not really precise, and R. Simlai didn't care because he wanted to make an exposition with the significance of the number 613.
- Therefore, when counting the mitzvot, we should ignore R. Simlai's statement, and only count based on the actual truth.
- Furthermore, even if R. Simlai was being precise, we don't have to contend with his number because if our analysis of the Talmud results in a higher count then it would simply be a dispute and we would reject R. Simlai as the minority view.
ואולם הרב רבינו משה ז"ל נלחץ לחץ רב במנין המצוות כדי שיעלה בידו בכיוון
החשבון שזכר ר' שמלאי בסוף מכות במצוות עשה ובמצוות לא תעשה שהם תרי"ג
ובהם רמ"ח מצוות עשה כמנין אבריו של אדם ושס"ה מצוות לא תעשה כמנין ימות
החמה וכאשר חקרנו אנחנו בזה ומצאנו כמה ספקות עצומות במנין המצוות שזכר
הרב לפי העיקרים שהשריש אשר אין ספק באמיתתם עם ראותנו שכבר הפליג העיון
בזה על כל מי שקדמהו ממי שהגיעו אלינו דבריהם להסכים המספרים האלו לפי
מה שאפשר הנה התבאר לנו שלא היה זה מפני קיצור הרב למצוא האמת בזה אבל
מפני היות באלו המספרים שזכר ר' שמלאי קצת קירוב לא חשש בו ר' שמלאי בזה
הדרש ולזה אמרנו שאין ראוי שילחצנו זה המספר הנזכר בזה המקום למצוות על
צד הדרש ממנות המצוות על האופן שראוי שימנו לפי האמת וזה כי כמו
שיוציאו בדרש פסוק אחד מכוונתו להוציא ממנו מוסר טוב כמו שנתפרסם מהדרש
שאמרו רבותינו ז"ל על ויתד תהיה לך על אזנך וזולתו ממה שינהג זה המנהג
כן הקל מעט זה החכם בזה המספר להוציא ממנו אלו המוסרים הנפלאים שיצאו
מאלו המספרים כאילו כל אבר ואבר מאברי האדם יאמר עשה בי מצוה וכל
יום ויום מימות השנה השמשית אומר אל תעבור בי עבירה
ובהיות הענין כן הוא מבואר שאם היה מספר המצוות מסכים לזה המספר
בקירוב די בו להוציא ממנו זה המוסר ולא יצטרך להסכים לו בלי פחת
ובלי יתר הלא תראה כי גם במקומות אשר לא ידובר בהם על צד הדרש לא
ידקדקו החכמים אם יהיה במספר קצת קירוב כבר תמצא זה מבואר בראשון מסוכה
גבי סוכה העשויה ככבשן שאמרו שאם יש בהיקפה כדי לישב בה עשרים וארבעה
בני אדם כשרה וכשהוקשה להם זה החשבון אמרו לא דק וכל שכן בזה
המקום שנאמר בו זה המספר על צד הדרש
ועוד שאף על פי שנֹאמר שרבי שמלאי דקדק באלו המספרים ונאמר גם כן שכבר
כתב עם זה בביאור אי זה מצוות הם אלו אשר מנה הנה לא יחלוק אחד
מהמעיינים שאם יתבאר מדברי התלמוד היות מספרם זולת זה המספר שכבר יהיו
דבריו דברי יחיד ויהיו בטלים כאילו תאמר אם יתבאר שכבר מנה מצוה אין
ראוי שתמנה לפי שורשי התלמוד והנמשך אליו או אם לא מנה מה שראוי למנות
וזה ממה שאין ספק באמיתתו ולזה הוא מבואר שלא ימנענו זה המספר אשר זכר
ר׳ שמלאי מהמשך במנין המצוות לפי מה שיראה מחכמת התלמוד
Thus, in sum, the number 613 has very little practical significance. It is useful in teaching us a lesson, but it does not necessarily reflect the true number of mitzvot. There could in actuality be many more than 613 mitzvot (or theoretically many fewer). The only correct way to count mitzvot is to go through the Torah and Talmud and analyze each case individually to determine whether something is a mitzvah or not. Whatever number we have at the end of the entire analysis is the number of mitzvot, and that number can theoretically be anything.
This approach, I believe, resolves all the questions mentioned here:
[I]t's clear from the Rishonim that there are more than just 613.
This is not an issue because R. Simlai was either being imprecise with the number 613, or his opinion was rejected.
[T]here would be only 3 mitzvos from Bereishis to Bo.
This has nothing to do with R. Simlai. We have to learn through the Torah and Talmud, and if we find mitzvot between Bereishis and Bo then we count them, and if we don't find mitzvot then we don't count them.
[T]here would be entire parshiyos (not sidra's) without any mitzvos.
Same as above – we learn through each parsha, and if we find mitzvot then we count them, and if we don't find mitzvot then we don't count them. It is not R. Simlai's fault if the Torah does not say anything that can be construed as a mitzvah in an entire parsha.