I think that the Bartenura follows the Pshat of the Rosh (here 4th line from the end).
The Rosh words are below.
דלא תימא כי היכי דנודר מן המקפה אסור בשום משום שדרך ליתן שום במקפה, הוא הדין נמי כי נדר מן המקפה יהא אסור בגריסין משום שדרך לעשות הגריסין מקפה קא משמע לן דלא דמי משום דשום דרך ליתן בכל מיני מקפה כי נותן טעם והשום הוא המקפה אבל אין עושין מגריסין לבדן מקפה אלא מכמה מינים עושין מקפה
The Rosh explains that the Tana wants to underline the difference between garlic and half beans. The garlic is present in many kinds of Mikpa because he is the component which gives the taste, the garlic "is the Mikpa". But they don't make Mikpa with half beans only, they make Mikpa with other species (of starchy).
In summary the Mikpa is a dish made with some starch with a taste of garlic.
The Nimuke Yosef on Rif adds:
אף על פי שלא שם אותם במקפה דהוה ליה כאילו נדר ממה שעושין מקפה
Despite that he doesn't put it in the Mikpa, there is as if he made a vow regarding the ingredient with which people make Mikpa.
Now we can read the Bartenura without difficulty:
רגילים היו לתת שום בכל מקפה כדי שיתן טעם והשום הוא המקפה
They was accustomed to put garlic in every Mikpa in purpose that gives taste. So, the Garlic is the Mikpa.
Mikpa is as a jelly (1), a jelly is almost tasteless. There are ingredients intended to give a solid structure. Those ingredients are not the main ingredient, the main ingredient is intended to give the taste of the Mikpa (this second name for garlic is a metonymy).
(1): See Bartenura in Succa 2.9
משתסרח המקפה - משתקלקל לו המקפה. כל תבשיל שאינו לא רך ולא קשה אלא קפוי קרוי מקפה. ורוב בני אדם מואסין תבשיל כזה, ובמעט מים מתקלקל לגמרי. ומקפה של גריסין של פול היא ממהרת להתקלקל בגשמים יותר משאר מקפות, ואם ירדו גשמים עד שאילו היה לפניו מקפה של גריסין היתה מתקלקלת, מותר לפנות מיד
All meal that is between solid and liquid state is called Mikpa. Most people are disgusted by this kind of meal...