We only find the "no metal" rule in a single place; making the Mizbeach (דברים פרק-כז).
לֹא תָנִיף עֲלֵיהֶם בַּרְזֶל
There's the Posuk that states that no metal instruments were heard during the building of the Bet HaMikdash:
מלכים א ו, ז: וְהַבַּיִת בְּהִבָּנֹתוֹ אֶבֶן שְׁלֵמָה מַסָּע נִבְנָה וּמַקָּבוֹת וְהַגַּרְזֶן כָּל כְּלִי בַרְזֶל לֹא נִשְׁמַע בַּבַּיִת בְּהִבָּנֹתוֹ, מֵעַצְמוֹ הָיָה נִבְנֶה, לְפִיכָךְ בְּמַעֲשֵׂה נִסִּים נִבְנָה
But as the Rambam (הלכות בית הבחירה - פרק ראשון) tells us, the metal-work was done off-site.
ח: כְּשֶׁבּוֹנִין הַהֵיכָל וְהָעֲזָרָה בּוֹנִין בַּאֲבָנִים גְּדוֹלוֹת. וְאִם לֹא מָצְאוּ אֲבָנִים בּוֹנִין בִּלְבֵנִים. וְאֵין מְפַצְּלִין אֶת אַבְנֵי הַבִּנְיָן בְּהַר הַבַּיִת אֶלָּא מְפַצְּלִין אוֹתָן וּמְסַתְּתִין אוֹתָן מִבַּחוּץ וְאַחַר כָּךְ מַכְנִיסִין אוֹתָן לַבִּנְיָן. שֶׁנֶּאֱמַר (מלכים א ה-לא) 'אֲבָנִים גְּדלוֹת אֲבָנִים יְקָרוֹת לְיַסֵּד הַבָּיִת אַבְנֵי גָזִית'. וְאוֹמֵר (מלכים א ו-ז) 'וּמַקָּבוֹת וְהַגַּרְזֶן כָּל כְּלִי בַרְזֶל לֹא נִשְׁמַע בַּבַּיִת בְּהִבָּנֹתוֹ':
Point being, metal was used, even to build the Bet HaMikdash.
Back to Safruth. Per the Gemara (Taanis 20) we are supposed to be using a reed - that is flexible.
לעולם יהא אדם רך כקנה ואל יהא קשה כארז ולפיכך זכה קנה ליטול הימנה קולמוס לכתוב בו ספר תורה תפילין ומזוזות
Once we're not using a flexible reed then there's no real advantage to using a feather as opposed to a metal quill.
IIRC the quill has to be Kosher - so one could argue that a quill is edible whereas metal is not.
(I've seen people use a reed - some Sefardim seem to be particular about it - but it requires sharpening the reed every few words - making the writing uneven.)
Bonus: We use a metal object for Brith Mila - even though in the Chumash we see that a sharp stone was used.
וַתִּקַּח צִפֹּרָה צֹר וַתִּכְרֹת אֶת עָרְלַת בְּנָהּ
I cannot find a classic source for your assertion of "the halachic preferences of not using iron implements to cut the strings for tzitziot".