Ramban on Devarim 2:23 wrote:
"...ומפני השבועה שנשבע אברהם לאבימלך לא יכלו ישראל ללכת בארצם ולהוציאם מארצם הבאתי עליהם כפתורים והשמידום וישבו תחתם ועכשיו אתם מותרים לקחת מידם...כי הכפתורים והפלשתים השמידו מן הכנענים כי אבימלך מלך גרר היה והעזתי יושב בעזה וצידון עיר פלשתים ואלה מגבול הכנעני הם שנאמר ויהי גבול הכנעני מצידון באכה גררה עד עזה והנראה בעיני כי פלשתים וכפתורים יחשבו עם אחד וכן אמר הכתוב (ירמיהו מז ד) כי שודד ה' את פלשתים שארית אי כפתור וזה טעם כפתורים היוצאים מכפתור כי יצאו מכפתור עם מעט לגור באשר ימצאו והשמידו את העוים היושבים עד עזה שהם מזרע כנען וישבו תחתם בעזה ואשקלון ואשדוד וגת ועקרון והכל מגבולות כנען וחלקו אותה לחמשה סרניהם ושם הגלילות ההם פלשת ונקראו גם הם פלשתים ונשאר לעוים יתר ארצם..."
Translation: "...and because of the oath Avraham swore to Avimelech, Yisrael couldn't go and remove them from their land, therefore I [Hashem] brought upon them the Caphtorim, and they destroyed them and settled in their stead, and now you are allowed to take from their hands...because the Caphtorim and the Plishtim destroyed of the Canaanites for Avimelech was the king of Gerar and the Gazites dwelled in Gaza and Sidon a city of the Plishtim, and these were part of the boundaries of Canaan, as it says: "The Canaanite territory extended from Sidon as far as Gerar, near Gaza" and it seems to me that the Plishtim and the Caphtorim were considered one people, and so it says (Yirmiyahu 47:4): "For the LORD will ravage the Philistines, The remnant from the island of Caphtor" and that's why it says "Caphtorim who came from Caphtor", because small remnants came from Caphtor to settle where they could and they destroyed the Avites who dwelled until Gaza who were of the seed of Canaan and settled in their stead in Gaza and Ashkelon and Ashdod and Gat and Ekron, and all of these are of the boundaries of Canaan and they divided it among their five governors and those territories where known as Peleshet and so they too became known as Plishtim and to the Avites remained the rest of their land..."
In short, we see that according to Ramban, the Plishtim who warred with Yisrael since they began conquering Canaan were not the same Plishtim from the time of Avraham. Because of this, there was no problem in engaging them in battle.