The last line of אתה חוננתנו is:
אבינו מלכנו החל עלינו הימים הבאים לקראתנו לשלום חשוכים מכל חטא ומנקים מכל עון ומדבקים ביראתך
How does it make sense to say הימים הבאים after Shabbos when Yom Tov is Monday, or after Yom Tov when it's Thursday? In those cases, there's only one day of חול coming.