Let's look at the Rabbeinu Yonah in full as I believe he addresses your questions. I put the specific parts in bold, to separate the assertions from the proofs Rabbeinu Yonah provides. Basically, he says that it is not possible to read the verse as questioning whether humans souls ascend to heaven because King Solomon wrote in Koheles that they do. Similarly, King Solomon would know that it is impossible for an animal's soul to ascend to heaven. Therefore the verse must be referring to people's souls, and the souls of the wicked are compared and referred to as animal souls because they follow their carnal desires like animals, and the verse is pointing out that it is often difficult to tell who is really righteous and who isn't.
So yes, Rabbeinu Yonah is not following the literal interpretation of the verse, because he considers it nonsensical. He explains this after he gives what in his opinion is the true meaning of the verse.
ועוד נאמר (קהלת ג׳:כ״א) מי יודע רוח בני האדם העולה היא למעלה ורוח הבהמה היורדת היא למטה לארץ. פירוש מי יכיר הצדיקים והרשעים בעוה"ז. כי יש רשעים אשר מעשיהם במחשך ולא יכירו בהם בנ"א [ויש צדיקים] שייראו שמים בסתר. כענין שנאמר (מיכה ו׳:ח׳) והצנע לכת. ויקרא לנפש הרשע נפש הבהמה מפני שנמשכת אחרי התאוה הגשמית כבהמה וכענין שכתוב (יונה ד׳:י״א) אשר לא ידע בין ימינו לשמאלו ובהמה רבה. ולנפש הצדיקים קרא רוח בני האדם וכענין שנאמר (יחזקאל ל"ד:ל"א) אדם אתם. וביאור לשון המקרא כן הוא. מי יודע רוח בני האדם והם הצדיקים. העולה היא למעלה כי יש הרבה צדיקים שאין אדם יכול לגזור עליהם בעולם הזה שהם צדיקים באמת וכי תעלה נפשם למרום. כענין מה שנאמר (ש"א ט"ז:ז') כי האדם יראה לעינים וה' יראה ללבב. וגם כי רבים מן הצדיקים הם יראי שמים בסתר ואין צדקתם מודעת. וכענין שנאמר (מיכה ו׳:ח׳) והצנע לכת עם אלהיך. ורוח הבהמה וגו' גם יש רשעים רבים שאין אדם מכיר במעשיהם כענין שנאמר (ישעיהו כ״ט:ט״ו) והיה במחשך מעשיהם ויאמרו מי רואנו ומי יודענו. וכן פירשו ז"ל במדרש קהלת. כי רוח בני האדם אלו הצדיקים ורוח הבהמה אלו הרשעים.
ולא יוכל איש לומר כי היה מסתפק על נשמת האדם אם תעלה למעלה כי הנה כתוב (קהלת י״ב:ז׳) והרוח תשוב אל האלהים אשר נתנה. ועוד איך יסתפק על רוח הבהמה אם יורדת למטה הלא רוח הבהמה מן הארץ ואיך תעלה. ונתבאר בתורה כי נשמת האדם עליונית. כי כתוב על נפש הבהמה כי היא מן הארץ שנאמר (בראשית א׳:כ״ד) תוצא הארץ נפש חיה למינה. ועל נפש האדם כתוב (שם ב') ויפח באפיו נשמת חיים. על כן תעלה נשמת האדם במות הגוף למעלה כי כל הדברים שבים אל שרשם. כענין שנאמר (קהלת י״ב:ז׳) וישוב העפר על הארץ כשהיה והרוח תשוב אל האלהים אשר נתנה. ונאמר על נשמת הצדיקים (זכריה ג׳:ז׳) ונתתי לך מהלכים בין העומדים האלה פירושו - בין המלאכים שהם עומדים וקיימים. כמו שנאמר (תהילים קמ״ח:ו׳) ויעמידם לעד לעולם ונאמר (דניאל ז׳:ט״ז) קרבת עד חד מן קאמיא. ואמרו ז"ל נפשותיהן של צדיקים גנוזות תחת כסא הכבוד שנאמר (שמואל א כ״ה:כ״ט) והיתה נפש אדוני צרורה בצרור החיים.