According to the Dvar Avraham (1:34), the reason one does not count ספירת העומר מספק is because if you do not know for certain what number it is, that is not considered "counting" at all. According to this reason, if there was an actual doubt, you would not be able to count at all. As the Dvar Avraham explains, 

> אבל לפי דברינו הנ"ל נראה לומר דבר חדש דדוקא ביו"ט היו נוהגין אבותינו
> לעשות ב' ימים מספיקא, אבל בספירה באמת לא הי' אפשר כלל לאבותינו לספור
> שתי ספירות ביחד מספק לפי שזו אינה ספירה כלל כמ"ש ובמקום ובזמן שהיו
> מסופקין לא היה תקנה לדבר וצ"ל שלא היו סופרין כלל