Firstly, Mr. J. wasn't only refered to by his name, he had other names that refferenced him (see Wiki; and Jewish Wiki). Thus, only searching his name will not always yield results. Secondly, the Talmud Yerushalmi was censored just like the Bavli - something to keep in mind. In general, many 'famous' passages found in the Bavli were earlier teachings that were compiled into the Yerushalmi long before the Bavli was completed, so there is often overlap.
Shabbat 14:4 presents a story which also appears in Bavli Avodah Zarah 27b. This discuses the censorship in Yerushalmi and this the Bavli.
Yerushalmi [standard] censored:
מעשה בר' אלעזר בן דמה שנשכו נחש ובא יעקב איש כפר סמא לרפותו ולא הני לו ר' ישמעאל. אמר לו אני מביא ראייה שירפאנו לא הספיק להביא ראייה עד שמת בן דמה.
Uncensored, according to here (probably based off MS):
מעשה בר' אלעזר בן דמה שנשכו נחש ובא יעקב איש כפר סמא משם של ישו פנדירא לרפותו ולא הניח לו רבי ישמעאל אמר לו אני מביא ראייה שירפאני לא הספיק להביא ראייה עד שמת בן דמה
The consensus is that איש כפר סמא was in relation with Mr. J. himself one way or another, if not said directly in his name.
Yevamot 16:6 (from here) mentions the equivalent (additions in) Bavli 67a (more discussion here).
ישו בן פנדירא נתלה בערב פסח בלוד משום שהסית, ואף הכמינו עדים בשביל להרוג אותו על כה
Other [perhaps more standard] editions:
שכן עשו לבן סטדא בלוד שהכמינו לו שני תלמידי חכמים והביאוהו לבית דין וסקלוהו
