Newer editions of the Koren Tanach also mark kamatz katan, and they agree with the siddur and mark this one as kamatz katan as well. Here's what they have to say about it in the back:
באותו אופן הבדלנו בין הקמץ הרגיל לקמץ הקטן באמצעות סימן גדול לקמץ הקטן, למשל, חכמה. כידוע, ישנו הבדל בין מסורת הקריאה הספרדית לאופן הקריאה שהמליצה עליו האקדמיה. כל הקמצים שבהם ישנה מחלוקת, מסומנים בטעמי המקרא באמצעות געיה. משום כך, סימנו אותם כקמצים קטנים בהתאם להוראות האקדמיה. המקפידים על המסורה הספרדית, יקראו כל קמץ שיש בו געיה כקמץ רחב. (להרחבה ראו במאמר על שיטת הניקוד המופיע באתר ההוצאה, במדור "אותות".)
Similarly we distinguished between a regular kamatz and a kamatz katan by using a bigger symbol for a kamatz katan, (example). As is known, there's a difference between the Sefaradi tradition and the recommendation of the Academy of the Hebrew Language. All of the kamatzim that fall under this disagreement have a gaya. Therefore, we marked them as kamatzim ketanim following the Academy's recommendation. Those who follow the Sefaradi tradition should read any kamatz with a gaya as a kamatz rachav. (For more information see an article on our website [thanks to Joel K for finding it!].)
The relevant part of the article is the bottom of page 3 - top of page 4.
כלל ידוע הוא, כי אות קמוצה שיש תחתיה געיה נקראת בקמץ רחב. וכן כתב ר׳ אליהו בן אשר הלוי
אשכנזי (הבחור): ״כל קמץ שאחריו שוא נח נקרא קמץ חטוף כמו ח ָ כְ מ ָ ה, זָ כְ ר ָ ה לי אלדי (נחמיה ה,
יט). ויהיה לך סימן כשאין מאריך אצל הקמץ. אבל זָ ֽ כְ ר ָ ה ירושלם (איכה א, ז) השוא הוא נע כי יש
מאריך אצל הקמץ״. יש בסידור תיבות אחדות שבהן כלל זה דורש עיון: במזמור שיר חנוכת הבית
(תהלים ל, ד) ִמּיְרִדי־בוֹר, בברכת השיר (נשמת כל חי) בפסוק (תהילים לה, י) ָּ֥כל ַע ְצמַֹתי תאמרנה,
ובמכתם לדוד הנאמר בבית האבל (תהלים טז, א) ָׁ ֽש ְמֵ֥רִני אל.
נראה שבעלי המסורה לא כיוונו במקומות אלו להנעת השווא. הגעיה של ״מירדי בור״ מסמנת
שהטעם במילה ״מירדי״ נסוג אחור, ולפי כללי הטעמים המילה ״כל״ נחשבת כמוקפת למילה
״עצמותי״, אף שהמקף לא נכתב. לדעת חוקרי המסורה, הגעיה שב״שמרני אל״ תכליתה מוזיקלית
ולא הנעת השווא (׳געיה כבדה׳). משום כך נהגנו בהם כדעתו של ר׳ מנחם די לונזאנו, שבכלל
דבריו — דברינו, שיש לקרוא בפסוקים אלו קמץ קטן.
It's a known rule that a letter with a kamatz and a gaya is read with a kamatz rachav. And similar R' Eliyahu Ben Asher Halevi Ashkenazi "Any kamatz that has a sheva nach after it is read as a kamatz katan, and you know that's the case when there's no gaya next to the kamatz, for example חכמה, זכרה-לי אלהי. But in זכרה ירושלים there's a gaya next to the kamatz so it's a sheva na." There are a few cases in the siddur where this general rule needs further explanation. For example מירדי בור, כל עצמותי, שמרני אל.
It seems that the mesorah here doesn't mean that the sheva is a sheva na. In the case of מירדי-בור it indicates that the word is nasog achor. The rules of trop indicate that כל is connected to עצמותי, even though the makaf isn't written. According to masoretic scholars, the gaya in שמרני אל is musical and doesn't indicate a sheva na, and is known as a gaya keveidah. Therefore we've treated them following R' Menachem de Lunzano, whose opinion includes our recommendation that these words should be read with a kamatz katan.
Note that both כל עצמותי and the similar pasuk in Mishlei, כל אחי-רש have a mercha on כל serving an azla legarmeih on the עצמותי/אחי-רש, which is unusual. The normal case is to have a mahpach there instead. Another example is Iyov 14:5 (found with the help of the introduction to Daat Mikra Tehillim). The word with the mercha there is אם, also a small word. Tehillim 47:5, mentioned by Double AA in the comments to the question, seems to be another example, this time involving a mercha followed by a regular azla. As far as I understand this is what they mean about an "unwritten makaf".