In both of the two cases you mention, the content of the Mishnah Berurah is not original content. In each case he is quoting earlier commentaries. In 1:12, the point about learning mussar originally comes from the Birchei Yosef, and is also quoted in the Sha'arei Teshuva.
Birchei Yosef O.C. 1:9
אמנם ראוי לכל ת"ח שיקבע עת כפעם בפעם ללמוד בספרי מוסר כי כל הגדול מחבירו יצרו גדול ואיידי דטריד בגופי הלכות ומחדש בטובו חידושי תורה קרוב שיגבה לבו וכיוצא וקבלתי כי בכלל משז"ל דתורה תבלין ליצה"ר הוא תוכחת מוסר מרז"ל קמאי ובתראי
Sha'arei Teshuva O.C. 1:7
ובברכי יוסף כתב שראוי לקבוע עת ללמוד בספרי מוסר כי כל הגדול כו' וקבלתי כי תבלין היצה"ר הוא תוכחת מוסר מאמרי חז"ל
So the Mishnah Berurah mentioned it here because the earlier commentaries mentioned it here. Now you might then ask why the earlier commentaries mentioned it here, especially considering that it doesn't seem very relevant to the text of the Shulchan Aruch here which states that it is better to recite fewer supplications with proper intent than more supplications without proper intent. However, if you trace the comment back to the Birchei Yosef, you will notice that it is actually a comment on the next statement of the Shulchan Aruch, where it lists various parts of the Torah that are good to say every day. Commenting on that the Birchei Yosef adds that it's also good to learn a bit of mussar every day.
When it comes to the Mishnah Berurah in 155:3, though, he doesn't quote this statement about learning mussar because it doesn't fit the context of the discussion there. The Shulchan Aruch there is setting out the idea of there being a basic obligation to learn a certain discrete amount of Torah every day. In explaining that obligation the Mishnah Berurah turns to Yoreh Deiah siman 246, where the obligation of daily Torah study is explained. His comment in 155:3 is basically a paraphrase of the comment of the Shach in Yoreh Deiah there, which itself is a quote of the Derisha's comment to the Tur there.
Shach Y.D. 246:5
כתב הדרישה יש בעלי בתים נוהגים ללמוד בכל יום גפ"ת ולא שאר פוסקים ומביאים ראיה מהא דאמרינן סוף (נדרים) [נדה] תנא דבי אליהו כל השונה הלכות בכל יום מובטח לו שהוא בן עולם הבא אבל ל"נ שיש ללמוד ספרי הפוסקים דיני התורה כמו הרי"ף ומרדכי והרא"ש ודומיהן דזהו שורש ועיקר לתורתנו ואינם יוצאים כלל בלימוד גמפ"ת דהא דתנא דבי אליהו כו' כבר כתב רש"י שם השונה הלכות פירוש הלכות פסוקות ומ"ש ר"ת כאן ש"ס בבלי בלול כו' קאי אמש"כ לפני זה אלימוד ט' שעות ביום דכיון שיש לו פנאי גדול ילמוד בש"ס אבל הנך בעלי בתים שאינם לומדים רק ג' או ד' שעות לא ילמדו בש"ס לחוד כנ"ל ע"כ
Derisha Y.D. 246:2
יש בעלי בתים נוהגין ללמוד בכל יום גפ"ת ולא שאר פוסקים ומביאים ראיה מהא דאמרינן סוף פרק בתרא דנדרים תנא דבי אליהו כל השונה הלכות בכל יום מובטח לו שהוא בן העולם הבא אבל לי נראה כי לא זאת המרגוע ולא בזאת יתהלל המתהלל כי אם בזאת יתהלל השכל וידוע בספרי פוסקים דיני תורה כגון האלפסי והמרדכי והרא"ש ודומיהם דזהו שורש ועיקר לתורתנו ואינם יוצאים כלל בלימוד גמרא פירוש תוספות דהא דתנא דבי אליהו וכו' כבר כתב רש"י שם כל השונה הלכות פירוש הלכות פסוקות ומ"ש רבינו תם כאן תלמוד בבלי בלול וכו' קאי אמ"ש רבינו לפני זה אלימוד תשע שעות ביום דכיון שיש לו פנאי גדול ילמוד בתלמוד אבל הנך בעלי בתים שאינם לומדים כי אם ג' או ד' שעות לא ילמדו בתלמוד לחוד כנ"ל
There is no reason for the Mishnah Berurah here to quote the Birchei Yosef's comment that it is good to learn mussar, because despite it being a good thing to learn mussar it is not part of the parameters of the obligation of daily Torah study.