R. Mordechai Yaffe mentions the custom of darkening one section of the wall as the zecher l'churban, but he says that this is not proper.
Levush O.C. 560:1
ונ"ל מה שנוהגים עכשיו הבונים בתים ומסיידם אותו שמסיידין ומכיירין אותו
כולו ואחר כך משחירין אמה על אמה בשיחור כנגד הפתח דלא יפה הם עושין כי
אדרבה השיחור זה אינו מגנה את הבנין אבל מייפהו ומשמח הלב כשאר ציורים
הנאים וחז"ל אמרו משייר בו אמה על אמה כלומר שמניחו כך מקולקל ובלי מתוקן
כדי לגנות הבנין ולשבר לבו שמתוך כך יזכור החורבן ובשברון לב ולא שייפהו
ויזכור מתוך שמחת לב נ"ל
R. Yechiel Michel Epstein, however, justifies this custom.
Aruch Hashulchan O.C. 560:5
וגדולי האחרונים כתבו דלא מהני מה שמשחירין אמה על אמה אלא דווקא להניח
ריק מסיד [שם סק"ג] ואצלינו משחירין וכיון דרגילין שזהו ההיכר לחורבן מה
לנו אם כה ואם כה
Additionally, R. Elija Spira notes that R. Isaiah Horowitz decried this practice, but he also notes that he found that R. Alexander Suslin apparently endorsed this.
Eliah Rabbah O.C. 560:4
בשל"ה קרא תגר על זה ואני מצאתי באגודה סוף תענית זה לשונו יניח בלא ציור
סיד או מראה שחור רק בלא תיקון כלל
Based on this, R. Israel Meir Kagan writes that we need not protest against those who are lenient on this matter.
Sha'ar Hatziyun 560:8
אף דח"א מחמיר גם בזה מ"מ נראה דאין למחות ביד המקילין אחרי שהא"ר הביא
בשם האגודה סמך להמקילין שעושין שחור במקום ההוא