Here are some of the ones that I remember (I'll add more as I find them) scattered through his writings, I'll try to add sources for each one later:
ובן זוטא אמר, כל המספר דבר מעשה לא ישא פנים לנכבד להזכירו תחלה, וכתוב ותלד לעמרם את אהרן ואת משה ואת מרים אחותם (במד' כו, נט), והנה היא קטנה. והנה זה המוכה בסנורים שכח שם חם ויפת,
ובן זוטא אמר, כי מלאתך על ההריון, ודמעך כנוי לשכבת זרע והיא הטפה, ואמר לא תאחר שלא יעכב מלקחת לו אשה, על כן אחריו: בכור בניך תתן לי, וזה שגעון.
ישתחקו עצמות חוי הכלבי, שאמר, כי משה ידע את מיעוט הים ברדתו, ועת רבותו בעלותו בהמשכו, והוא העביר עמו במיעוט המים כמשפטו, ופרעה לא ידע מנהג הים על כן טבע. ואלה דברי שגעון, כי מנהג הים ברדתו לא ייבש מקום,
ירקב שם חוי, שאמר, כי המן הוא הנקרא בלשון פרסי תרנגבי"ן, ובלשון ערבי מ"ן ובלשון לע"ז מנ"א, כי קושיות רבות עמדו עליו.
ישתחקו עצמות חוי הפושע, שאמר כי בעבור שלא אכל לחם שבו פני משה יבשות כמו הקרן. וטעם וייראו (שמות לד ל), מפני שהיו פניו מכוערות. ואיך לא פקח זה המקולל את עיניו, כי לא יירא האדם לגשת אל האדם רק בעבור דבר פלא שנתחדש בו שלא ראה כמוהו.
והארכתי כל כך בעבור שאמר המשוגע שהפך בספרו דברי אלהים חיים, אמר כי רצה משה לומר הגבל את העם, ויצא מפיו ההר במקום העם.
ישתחקו עצמות החוי הכלבי שאמר לולי שענה אדם לא היה נמצא
A fantastic story (Rus 2:17)
ויהי כאיפה שעורים - פעם אחת שאלני אדם מה טעם באיפה שעורים אמרתי לו אין טעם לשאלה הזאת כי הכתוב ספר מה היה אז נקלותי בעיניו ויאמר לי כי יש לו טעם ואני החרשתי ממנו ולא שאלתיו, והנה בא ביום אחד ואמר לי כי יש לו טעמים הרבה האחד שראתה רות בדרך נבואה כי עתיד היה אחד מבניה להעמיד עמוד על שם בעל' וטעם איפה צ"ו רמונים שהיו על העמוד וזה בגימטריא איפה, ופירוש שעורי' כמו שיעורים כמו שער בנפשו, וטעם אחר ויהי שתי מלות ארמית ועברית והיא כאשר ראתה שיתל' אבשלום שהוא מבניה והנה כ"ף עם אל"ף רמז לשנות אבשלום במותו ואחר כך איפה שערים לשון רבים בעבור היותו כבד עליו, וטעם אחר כי תחלת אות כאיפ' עם תחלת שעורים הוא בגמטריא ישי שהוא צדיק גמור אז שמח וישב לבו בקרבו: