The Kitzur Shulchan Aruch in סימן ה - נקיון המקום לדבר שבקדשה says that a "potty chair" that is mainly used for sitting and in case of need used as a potty, doesn't turn the entire room into a toilet, once the potty is removed and the hole covered.
However, a potty chair that is mainly used as a toilet, or a bedpan, made of wood or clay turn the entire room into a toilet.
However, if it's made of glass or metal and is spotlessly clean and odorless, then they no longer have the status of a toilet at all.
So now we're back to the discussion of whether glazed clay (porcelain) is considered glass or clay. If it's glass then you can pray and learn in the basement, if the Baltimore Throne is spotlessly clean and odorless.
If it's like clay then the entire floor has the law of a toilet, unless it's completely covered.
סעיף יב':
בֵּית הַכִּסֵּא, אַף עַל פִּי שֶׁיֵּשׁ לוֹ מְחִיצוֹת וְאֵין בּוֹ צוֹאָה, צְרִיכִים לְהַרְחִיק מִמֶּנּוּ. וְלָכֵן סַפְסָל הֶעָשׂוּי עִם נֶקֶב שֶׁמַּעֲמִידִים תַּחְתָּיו גְּרָף לִפָּנוֹת עָלָיו, אַף עַל פִּי שֶׁהוֹצִיאוּ אֶת הַגְּרָף וְכִסּוּ אֶת הַנֶּקֶב בְּדַף, מִכָּל מָקוֹם יֵשׁ לַסַּפְסָל הַזֶּה דִין בֵּית הַכִּסֵּא, וּצְרִיכִים לְהוֹצִיאוֹ מִן הַבַּיִת אוֹ לְכַסּוֹתוֹ כֻּלּוֹ. אַךְ אִם הוּא כִּסֵּא הַמְּיֻחָד לִישִׁיבָה וּמְכֻסֶּה בְּכַר לֵישֵׁב עָלָיו וְרַק לְעֵת הַצֹּרֶךְ מְסִירִים אֶת הַכַּר וְנִפְנִים שָׁם וְשׁוּב מַחֲזִירִים עָלָיו אֶת הַכַּר, בָּזֶה יֵשׁ לְהָקֵל.
סעיף יג':
גְּרָף שֶׁל רְעִי וְעָבִיט שֶׁל מֵי רַגְלַיִם, אִם הֵם שֶׁל חֶרֶס אוֹ שֶׁל עֵץ, דִּינָם כְּבֵית הַכִּסֵּא. וְאַף עַל פִּי שֶׁהֵם נְקִיִּים וְאֵין לָהֶם רֵיחַ רָע, וַאֲפִלוּ נָתַן לְתוֹכָם מַיִם אוֹ שֶׁכְּפָאָם עַל פִּיהֶם, לָא מַהֲנֵי. וַאֲפִלּוּ נְתָנָם תַּחַת הַמִּטָּה, לָא מַהֲנֵי (דְּמִטּוֹת שֶׁלָּנוּ אֵינָן חוֹצְצוֹת), אֶלָּא צָרִיךְ לְהוֹצִיאָם מִן הַבַּיִת אוֹ לְכַסּוֹתָם. וְאִם הֵם שֶׁל מַתֶּכֶת אוֹ זְכוּכִית, אִם הֵם רְחוּצִים יָפֶה וְאֵין בָּהֶם רֵיחַ רָע, אֵין צְרִיכִים לְהַרְחִיק מֵהֶם. פִּי חֲזִיר, כֵּיוָן שֶׁדַּרְכּוֹ לְנַקֵּר בַּצּוֹאָה, דִּינוֹ כִּגְרָף שֶׁל רְעִי. וַאֲפִלּוּ עוֹלֶה מִן הַנָּהָר, אֵין הָרְחִיצָה מוֹעֶלֶת לוֹ (ע"ו פ"ז).