This is in Beur HaGra to Yoreh De'ah (179:13)
ואף על פי כו'. הרמב"ם וכ"כ בפי' המשנה לפ"ד דעבודת כוכבים אבל כל הבאים אחריו חלקו עליו שהרי הרבה לחשים נאמרו בגמרא והוא נמשך אחר הפלוסופיא הארורה ולכן כ' שכשפים ושמות ולחשים ושדים וקמיעות הכל הוא שקר אבל כבר הכו אותו על קדקדו שהרי מצינו הרבה מעשיות בגמ' ע"פ שמות וכשפים אמרה איהי מלתא ואסרתה לארבא אמרו כו' (שבת פ"א ב' חולין ק"ה ב') ובספ"ד מיתות ובירושלמי שם עובדא דר"א ור"י ובן בתירה וכן ר"ח ור"א דאיברו עיגלא תילתא ור' יהושע דאמר שם ואוקמיה בין שמיא לארעא (בכורות ח' ב') וכן אבישי בן צרויה (סנהדרין צ"ה א') והרבה כיוצא ואמרו (בספ"ד מיתות חולין ז' ב') למה נקרא שמן כשפים כו' והתורה העידה ויהיו תנינים וע' זוהר שם וכן קמיעין בהרבה מקומות ולחשים רבו מלספר. והפלסופיא הטתו ברוב לקחה לפרש הגמרא הכל בדרך הלציי ולעקור אותם מפשטן וח"ו איני מאמין בהם ולא מהם ולא מהמונם אלא כל הדברים הם כפשטן אלא שיש בהם פנימיות לא פנימיות של בעלי הפלוסופיא שזורקין אותו לאשפה שהם חצוניות אלא של בעלי האמת
For many incantations are mentioned in the Talmud, and he was drawn after the accursed philosophy...But they already struck him on he crown of his head [i.e. violently rejected him]...And the philosophy led him astray...And heaven fore-fend! I do not do not believe in them at all. (My translation of the bolded portions).
He is commenting on the Shulchan Arukh's statement that whispering incantations over a wound is permissible even on Sabbath, even though it is not actually effective:
מי שנשכו עקרב מותר ללחוש עליו, ואפילו בשבת, ואף על פי שאין הדבר מועיל כלום הואיל ומסוכן הוא התירו, כדי שלא תטרף דעתו עליו.
This is a quote from Rambam's Hilkhot Avodah Zarah 11:12.
As you can see, the criticism it quite unambiguous. Furthermore, the article you cite supports the authenticity of the comment, noting that:
Its authenticity was attested to by R. Samuel Luria who examined that actual manuscript.