The Gur Aryeh explains this Rashi.
He cites the question of Rabbi Eliyahu Mizrachi (the Re'em)
והקשה הרא״ם, דכבר כתיב בפרשת שלח (במדבר יג, ל-טו) שנים עשר אנשים, כל
אחד בשמו, ולא נכתב כלל אחד משבט לוי עמהם,
and then answers:
ואין זה קשיא, דהאי ׳מגיד׳, פירושו, מה שהוצרך משה רבנו עליו השלום
לומר לישראל ״שנים עשר אנשים״, כדי לומר משה לישראל שלא היה באותו פעם
שבט לוי , דהא מה שאמר ״איש אחד לשבט״ , גם כן כתב למעלה (ר במדבר
יג, ב), ומשה היה חוזר להם בתוכחה הדברים הראשונים. וכך פירושו, מגיד
משה לישראל ואמר להם בקשתם דבר שלא כהוגן, שאין ראוי ל כ שר לבקש שלוח
מרגלים, שהרי שבט לוי הכשרים לא בקשו כלל.
So according to the Gur Aryeh, Rashi is to be understood as follows:
The seemingly unnecessary words
שְׁנֵים עָשָׂר אֲנָשִׁים - twelve men
are there to stress that:
the tribe of Levi was not with them
ie - As apposed to the other tribes who approached Moshe to spy out the land - the tribe of Levi was not in favor of this idea at all.
By stressing this, Moshe is rebuking the people for wanting to send the spies even though they saw that the tribe of Levi (who were more virtuous people) were not in favor.
So the point here is not that from among the spies there was no representative from the tribe of Levi, but rather that the tribe of Levi as a whole was against the idea of sending spies - which made the decision by the rest of the people to send spies wrongful. This would then be a continuation of Moshe alluding to incidents where the people angered Hashem.