Sure, in his book "זריעה ובניין בחינוך" he wrote that once or twice. I didn't find a digital edition of this book to quote from, but I remember it very well from learning this book last year...
EDIT:
I would scan it if it was not copyrighted, but from page 44 to 46 Rav Shlomo Wolbe talks about it. Actually I didn't find your exact quote, but the idea is very similar. He says that bring your children to the synagogue too early is ruining their מורא מקדש and forcing the kid to pray destroy the connection that his soul has with prayer:
בתפילה צריכה להיות נשמה של יהודי, אם מכריחים את הילד להתפלל כהרגל
חיצוני... ממאיסים עליו את התפילה. אחר כך כאשר הוא כבר בחור מבוגר - אין
לו שום קשר נפשי עם התפילה, והאשמה רובצת על ראשם של ההורים שהכריחו אותו
להתפלל בגיל מוקדם מדי.