There are two general approached to this question.
One approach, which I have seen in multiple sources, is that the body is also a future vessel of the soul, after the resurrection. This body will ultimately be reunited with the soul share in the pleasures of the ultimate reward post-resurrection. The earliest source that I know of for this idea is the Kol Bo (siman 114):
החזק והצריך לאמונתנו בתחיית המתים, כי אלו היו משליכין גוף האדם המת כאחת הנבלות, היו בני אדם אומרים נמשל כבהמות נדמו ולא היו מקבלין אמונת התחייה, כמו שהן מקבלין עם קבורתו, בראותם כי יבנו לו בית וילבישנו. וכל שכן בראותם כי יקברוהו אצל אבותיו ובני משפחתו, להיות עתידים לעמוד יחד בני המשפחה ולקיים זאת האמונה ההכרחית נכתב בתורה, מה שבא בקבורת האבות ובקפדותם במקום קבורתם ושכבתי עם אבותי, ורבותי ז"ל אמרו על זה, למה האבות תובעין ומחבבין קבורת ארץ ישראל, אמר רבי פלוני דברים בגו "אתהלך לפני ה' בארצות החיים" נמצא שהכוונה היא לאמונת התחייה לחזק האמונה הזאת אמרו "עתידין צדיקים שיעמדו בלבושיהן" ולא על כל אדם אמרו רק על הצדיקים, ועל הדרך הזה היא ההקפדה ברוב כבוד גופות המתים
Another approach is that specifically because the body was used as a tool for the soul does it retain some of that holiness. This is stated by the Chosam Sofer (Y.D. 336) in distinguishing between how the non-Jews and Jews treat their dead bodies: non-Jews have no need to respect the body once there's no longer 'someone in there', so to speak, but because we believe that the soul uses the body, it's only the combination of body and soul that is actually called "man"
דכל העכו"ם חושבים בפירוד הנשמה מהגוף נשאר הגוף בלי שום לחלוחית
רוחניות, על כן קוראים הרוח זעליג (=רוח) והגוף פגר (געקערפערט), שהוא
כולו גוף (קערפער), ועל כן מנתחים אותו ואינם חוששים לביזיונו... אך בני
ישראל מאמינים גם אדם כי ימות באוהל עדיין במותו נקרא אדם פנימי ולא פגר,
כי גם בגופו שהיה נרתק לנשמה נשאר בו לחלוחית קדושה, ונוהגים בו כבוד