There are two different types of gzeirah shava
- specific words were part of the mesorah but the pesukim used and / or the actual item that was derived from the gzeirah shava may not have been part of the mesorah.
- The content of the limud was part of the mesorah but not the words used in the gzeirah shava.
Halichos Olam Shaar 4. See also Ramban sefer hamitzvos 2
See here where they explain that Rashi and Ramban maintain that one may associate a halacha from a gezeirah shavah only if he received the halacha that is "being derived" from his teacher. The actual words of the gezeirah shava may not have been transmitted by his rebbi.
"אין אדם דן גזרה שווה מעצמו" (פסחים סו.). רש"י: "אלא אם כן למדו
מרבו". רק אם החכם קיבל את ההלכה מרבו, רשאי הוא לדרוש לה "גזרה שווה",
ולעשות את הפסוק אסמכתא להלכה שבידו. אך אין לחדש הלכה באמצעות גזרה
שווה. בלשון הירושלמי: "אדם דן גזרה שווה לקיים תלמודו" (ירושלמי, פסחים
ו:א). טעם לכך, כתב רמב"ן בספר המצוות, כי ישנן מלים רבות הכפולות בתורה,
ואם ידרוש אדם מעצמו, פעמים ידין רוחו, ויהרוס כמה דינים, ויסתור כמה
עניינים.
However, this seems to be an oversimplification in the definition of a gzeirah shava. None of the Rishonim cited nor the Yerushalmi is a proof for this: the Yerushalmi is simply saying that for a known halacha one may find a hint for his halacha using a gzeirah shava...i.e. using a memory device similar to an actual gzeirah shava but by no means is this an actual drasha from a gzeirah shava.
See Encyclopedia Talmudit גזירה שוה entry where this and more detail can be found.