The Midrash (Bereishit Rabbah 97:3) explains:
"And it was when Yehoshua was in Yericho, and he lifted up his eyes and saw, and behold, a man stood over him... and he [the man] said 'No, but I am captain of the LORD's host and have just arrived...'" (Joshua 5:13-14). Rabbi Yehoshua in the name of Rabbi Chanina son of Yitzchak, he cried out from within his toenails, as it says "And he said, 'I am a captain of the LORD's host'" (ibid.) - a captain of the Lofty Ones am I, and every place that I am seen, the Holy Blessed One is seen.
It seems that your question is addressed by and answered by the MeAvur HaAretz on Yehoshua 5:15:
אז נתגלה ליהושע שר צבא ה', שבא כדי לצאת לפני העם בקרב (יהושע ה, יג). המלאך ציוה את יהושע להסיר את נעליו מעל רגליו, כי המקום אשר הוא דורך עליו, קודש הוא (יהושע ה, טו). צו זה נראה תמוה במקצת, שכן האדמה במקום הפגישה עם המלאך לא היתה שונה מחלקי אדמה אחרים בארץ. כל ארץ ישראל קדושה, ולא מוטלת עלינו חובה להלך בה יחפים. נסיון השוואה לסנה יראה מלאכותי, שהרי שם התגלה ה' והיה על משה לנהוג בו כבוד. אך מדוע יהא צורך לחלוק כבוד למלאך?
14
אלא שהמלאך גילה ליהושע, שכדי לכבוש את הארץ עלינו להסיר את המחיצות בינינו לבינה. מתוך הסרת המחיצות והגישה הבלתי אמצעית, מתוך ההזדהות עם הטבע הארצי של ארץ ישראל, ההתמסרות וההשתייכות לארץ עצמה, נוכל לצאת לקרב ונוכל לנצח ולפעול, למען המשך הופעת קוממיותנו הלאומית.