The Torah mentions explicitly that one's wife's daughter which includes his own daughter (or her daughter from marriage to another man prior to his marriage) is forbidden
(ערוות אישה ובתה, לא תגלה" (ויקרא יח,יז
Rashi explains This Passuk is referring to a daughter born from mother's marriage quoting Gemora Yevamos 97a
(יבמות צז) לא אסר הכתוב אלא ע"י נשואי הראשונה לכך נאמר לא תקח ל' קיחה
The Gemora in Yevamos 3a and the Rambam sefer hamitzvos are referring to a daughter from outside marriage which is not mentioned explicitly in the Torah as explained by Rashi and the Rashba:
בתו עיקר איסורא מדרשא אתיא. כלומר, בתו מאנוסתו דאיירי בה מתניתין דלא נפקא מכלל אשה ובתה וכמו שפרש"י ז"ל
The reason why daughter outside marriage is excluded the Rambam Issurei Bia 2,6 addresses:
If one's Granddaughter from outside marriage is forbidden, this goes without saying that one's daughter must be forbidden as the granddaughter comes from the daughter so since the closeness of relation of the granddaughter makes her prohibited, how much more so the daughter who is even closer relation is prohibited and does not need to be mentioned in the Passuk. This is explained by the Maggid Mishna Issurei Bia 2,6:
בסנהדרין(דף ע') בתו מאנוסתו מנין אמר אביי ק"ו על בת בתו ענוש על בתו לא כ"ש והקשו עליו וכי עונשין מן הדין ותירצו גלויי מילתא בעלמא הוא ורבא יליף לה התם בג"ש. וכתב מצותרבינו ואעפ"י שלא נאמר וכו' ואיסורה מן התורה וכו', הוצרך לזה לפי שיטתו שכתב בספר המצות בעיקר השני שכל הדברים הנדרשים באחת מי"ג מדות אין נקראין ד"ת אלא ד"ס ובכאן ביאר שאין בתו בכלל הזה שהרי ככתובה ממש היא וסמך לו הכתוב על בת בתו שנתבארה בתורה שהיא קרובה לו מחמת בתו ואי אפשר שתהיה בתו מותרת ובתה הבאה מחמתה אסורה
(*Note the reason why the Rambam does not say like Rovo in Sanhedrin 70a (he learns like Abaye) that we learn the daughter is a forbidden relationship from a Gezeira Shava, is because the Rambam writes in his introduction to Sefer Hamitzvos we cannot learn a Ikkar din of the Torah (we can learn punishment just not a shoresh see Kesef mishna Ishus 1,1) from shlosh Esrei Middos.)
The Magggid Mishna seems to say that the Daughter from marriage is mentioned just to show that she is a closer relative than the granddaughter from marriage, the reason why she is forbidden. Abayei and the Rambam derives the Kal Vechomer from there that the daughter from outside marriage is also a closer relative than the grandaughter from outside marriage and is therefore equally forbidden since the Torah has shown that it forbids incest prioritising closeness of relative. (Alternatively the principal מילתא דאתיא בקל וחומר טרח וכתב לה קרא mentioned in Sotah 29a Kiddushin 4b among many other places could apply sometimes the Torah mentions prohibitions that can be worked out from a Kal vachomer and sometimes not.)