I could not find any mainstream commentary which listed them.
Based on a search, I found 14 cases where they are explicitly referred to as Kohanim Haleviyim, with a couple more questionable (unlikely) cases:
- Devarim 17:9 - וּבָאתָ אֶל הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם וְאֶל הַשֹּׁפֵט אֲשֶׁר יִהְיֶה בַּיָּמִים הָהֵם וְדָרַשְׁתָּ וְהִגִּידוּ לְךָ אֵת דְּבַר הַמִּשְׁפָּט.
- Devarim 17:18 - וְהָיָה כְשִׁבְתּוֹ עַל כִּסֵּא מַמְלַכְתּוֹ וְכָתַב לוֹ אֶת מִשְׁנֵה הַתּוֹרָה הַזֹּאת עַל סֵפֶר מִלִּפְנֵי הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם.
- Devarim 18:1 - לֹא יִהְיֶה לַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם כׇּל שֵׁבֶט לֵוִי חֵלֶק וְנַחֲלָה עִם יִשְׂרָאֵל אִשֵּׁי י״י וְנַחֲלָתוֹ יֹאכֵלוּן.
- Devarim 24:8 - הִשָּׁמֶר בְּנֶגַע הַצָּרַעַת לִשְׁמֹר מְאֹד וְלַעֲשׂוֹת כְּכֹל אֲשֶׁר יוֹרוּ אֶתְכֶם הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם כַּאֲשֶׁר צִוִּיתִם תִּשְׁמְרוּ לַעֲשׂוֹת.
- Devarim 27:9 - וַיְדַבֵּר מֹשֶׁה וְהַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם אֶל כׇּל יִשְׂרָאֵל לֵאמֹר הַסְכֵּת וּשְׁמַע יִשְׂרָאֵל הַיּוֹם הַזֶּה נִהְיֵיתָ לְעָם לַי״י אֱלֹהֶיךָ.
- Yehoshua 3:3 - וַיְצַוּוּ אֶת הָעָם לֵאמֹר כִּרְאֹתְכֶם אֵת אֲרוֹן בְּרִית י״י אֱלֹהֵיכֶם וְהַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם נֹשְׂאִים אֹתוֹ וְאַתֶּם תִּסְעוּ מִמְּקוֹמְכֶם וַהֲלַכְתֶּם אַחֲרָיו.
- Yehoshua 8:33 - וַיַּעֲלוּ אֶת אֲרוֹן י״י וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת כׇּל כְּלֵי הַקֹּדֶשׁ אֲשֶׁר בָּאֹהֶל וַיַּעֲלוּ אֹתָם הַכֹּהֲנִים וְהַלְוִיִּם.
- Yirmiyahu 33:18 - וְלַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם לֹא יִכָּרֵת אִישׁ מִלְּפָנָי מַעֲלֶה עוֹלָה וּמַקְטִיר מִנְחָה וְעֹשֶׂה זֶּבַח כׇּל הַיָּמִים.
- Yechezkel 43:19 - וְנָתַתָּה אֶל הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם אֲשֶׁר הֵם מִזֶּרַע צָדוֹק הַקְּרֹבִים אֵלַי נְאֻם אֲדֹנָי יֱ־הֹוִה לְשָׁרְתֵנִי פַּר בֶּן בָּקָר לְחַטָּאת.
- Yechezkel 44:15 - וְהַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם בְּנֵי צָדוֹק אֲשֶׁר שָׁמְרוּ אֶת מִשְׁמֶרֶת מִקְדָּשִׁי בִּתְעוֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל מֵעָלַי הֵמָּה יִקְרְבוּ אֵלַי לְשָׁרְתֵנִי וְעָמְדוּ לְפָנַי לְהַקְרִיב לִי חֵלֶב וָדָם נְאֻם אֲדֹנָי יֱ־הֹוִה.
- Ezra 10:5 - וַיָּקׇם עֶזְרָא וַיַּשְׁבַּע אֶת שָׂרֵי הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם וְכׇל יִשְׂרָאֵל לַעֲשׂוֹת כַּדָּבָר הַזֶּה וַיִּשָּׁבֵעוּ.
- Divrei Hayamim Bet 5:5 - וַיַּעֲלוּ אֶת הָאָרוֹן וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת כׇּל כְּלֵי הַקֹּדֶשׁ אֲשֶׁר בָּאֹהֶל הֶעֱלוּ אֹתָם הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם.
- Divrei Hayamim Bet 23:18 - וַיָּשֶׂם יְהוֹיָדָע פְּקֻדּוֹת בֵּית י״י בְּיַד הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם אֲשֶׁר חָלַק דָּוִיד עַל בֵּית י״י לְהַעֲלוֹת עֹלוֹת י״י כַּכָּתוּב בְּתוֹרַת מֹשֶׁה בְּשִׂמְחָה וּבְשִׁיר עַל יְדֵי דָוִיד.
- Divrei Hayamim Bet 30:27 - וַיָּקֻמוּ הַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם וַיְבָרְכוּ אֶת הָעָם וַיִּשָּׁמַע בְּקוֹלָם וַתָּבוֹא תְפִלָּתָם לִמְעוֹן קׇדְשׁוֹ לַשָּׁמָיִם.
(Very) Questionable: Yeshayah 66:21, Nechemiah 10:29, 10:35, Divrei Hayamim Aleph 9:2
Even though there are only 14 of those, in Yevamot, the the Gemara itself brings this up in a discussion of Bamidbar 18:26, which only says the word "Leviyim", and the Gemara understands it to be referring to Kohanim. In Bechorot, it is brought up referring to Bamidbar 3:12, 3:39, 3:45. In Chullin, it is brought up referring to Ezra 3:8. In Tamid, it is brought up referring to Divrei Hayamim Aleph 26:17 (which may have multiple cases).
Additionally, Torah Temimah proves from Bava Kamma 108b that Devarim 18:6 also refers to Kohanim. Rashi in Sukkah 55b (d.h. uvah) also writes that Devarim 18:7 refers to Kohanim. Sheyarei Korban to Yerushalmi Sotah 8:3 writes that according to the Yerushalmi, Divrei Hayamim Bet 35:3 also refers to Kohanim.
Thus it is possible to assemble a list of 24 places in which Kohanim are referred to as Leviyim, especially if we consider separate mentions in the same paragraph or section to be multiple cases.
I have no resolution to explain the Sha'ar Hagilgulim's statement, which is at clear odds with the Gemara and Pesukim. I have no idea how he resolves cases in Yirmiyahu and Yehoshua.
Edit: I searched Otzar, and found one author (Harei Yehudah Volume 2 page 14) suggest that none are as explicit as Yechezkel, since he mentions Tzadok, who was a Kohen, by name, and refers to him as a Levi, whereas in all other places, it refers to Kohanim/Leviyim in general.