Perhaps he did not really enter heaven alive. According to Radak on the last pasuk of Malachi (Hinei Anochi Sholeach Lachem et Eliyahu HaNavi):
הנה אנכי שולח לכם -אע"פ שאני מזהירכם על תורת משה בכל דור ודור, אעפ"כ לטובתכם אשלח לכם את אליהו הנביא והטעם שישיב נשמתו שעלתה לשמים אל גוף נברא כגופו הראשון, כי גופו הראשון שב אל הארץ בעלותו כל יסוד אל יסודו ואחר שיחיה אותו בגוף ישלחנו לישראל לפני יום המשפט והוא יום השם הגדול והנורא והוא יזהיר האבות והבנים יחדיו לשוב בכל לב אל השם והשבים ינצלו מיום המשפט
"Although I warn you concerning the Torah of Moshe in every generation, even so, for your benefit, I will send you Eliyahu HaNavi. And the meaning is that his soul, which ascended to heaven, will return to a created body just like his original body. For his original body returned to the ground when he ascended, each element to its base. And after He resurrects him in a body, He will send him to Israel before the day of judgement. And this is 'the great and awesome day of the Lord'. And he will warn father and son together to return full-heartedly to Hashem, and those who repent will be saved from the day of judgement."
If we say Eliyahu was Pinchas, then this could be part of Pinchas' reward.
