The Rambam writes in Perush Ha-Mishnah (Chullin ch. 1) states that the purpose of executing an apikores is to remove the espousal of his ideas from society; thus if the apikores did teshuvah he would certainly no longer be executed:

ודע כי מסורת בידינו מאבותינו כפי שקבלוהו קבוצה מפי קבוצה כי זמנינו זה זמן הגלות שאין בו דיני נפשות אינו אלא בישראל שעבר עברת מיתה, אבל המינים והצדוקים והביתוסים לכל שינוי שיטותיהם הרי כל מי שהתחיל אותה השטה תחלה ייהרג לכתחלה כדי שלא יטעה את ישראל ויקלקל את האמונה, וכבר נעשה מזה הלכה למעשה באנשים רבים בכל ארץ המערב

The Rambam writes in Perush Ha-Mishnah (Chullin ch. 1) that the purpose of executing an apikores is to remove the espousal of his ideas from society; thus if the apikores did teshuvah he would certainly no longer be executed:

ודע כי מסורת בידינו מאבותינו כפי שקבלוהו קבוצה מפי קבוצה כי זמנינו זה זמן הגלות שאין בו דיני נפשות אינו אלא בישראל שעבר עברת מיתה, אבל המינים והצדוקים והביתוסים לכל שינוי שיטותיהם הרי כל מי שהתחיל אותה השטה תחלה ייהרג לכתחלה כדי שלא יטעה את ישראל ויקלקל את האמונה, וכבר נעשה מזה הלכה למעשה באנשים רבים בכל ארץ המערב