Kitzur Shulchan Aruch סימן נא - כללים בברכה אחרונה :
סעיף י"ב:
אָכַל פֵּרוֹת שֶׁבְּרָכָה אַחֲרוֹנָה שֶׁלָּהֶם בְּרָכָה מֵעֵין שָׁלֹשׁ, וְגַם פֵּרוֹת הָעֵץ שֶׁבְּרָכָה אַחֲרוֹנָה שֶׁלָּהֶן הוּא בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת, מְבָרֵךְ בְּרָכָה מֵעֵין שָׁלֹשׁ. וְכֵיוָן שֶׁהוּא מַזְכִּיר בָּהֶם פְּרִי עֵץ, נִפְטָרִים בָּזֶה כָּל פְּרִי עֵץ שֶׁאָכַל. אֲבָל אִם נִתְחַיֵּב בִּרְכַּת בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת עַל מִין אַחֵר, אֵינוֹ נִפְטָר בִּבְרָכָה מֵעֵין שָׁלֹשׁ, וִיבָרֵךְ תְּחִלָה בִּרְכַּת מֵעֵין שָׁלֹשׁ וְאַחַר כָּךְ בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת.
If you eat fruit that require a מֵעֵין שָׁלֹשׁ like grapes, figs, dates, olives and pomegranates and you also eat other fruit - like apples and oranges - then your מֵעֵין שָׁלֹשׁ will exempt you from making a בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת.
However, if you require a בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת for other food (besides for fruit - E.g. water, vegetables or meat) then you have to make a מֵעֵין שָׁלֹשׁ on the fruit and a בּוֹרֵא נְפָשׁוֹת on the rest.