If the fly is still intact and there's no way of locating it e.g the soup had loads of poppy seeds floating around, then Shulchan oruch Yoreh Dea siman 100 would apply: Seif 1:
בריה דהיינו כגון נמלה או עוף טמא וגיד הנשה ואבר מן החי וביצה שיש בה אפרוח וכיוצא בהם אפילו באלף לא בטלה
a whole creature like an ant, or a non kosher bird, or a "Gid hanasheh," or a limb from a live animal, or an egg with a chick inside, even in a mixture a thousand time its size it can not be nullified.
Seif 3: (exactly your question)
:קדרה של מרק שנפל שם בריה ונאבדה אסור הכל:
A soup in which a berie (an entire creature which cannot be nullified e.g fly) falls into and gets lost forbids the entire soup.
Even If you separate the soup by mistake (by doing so on purpose all the soup would forbidden see SA YD 101) into 1000 bowls in front of you, the soup is remains ossur (forbidden) as long as the fly is intact and you havn't checked any of the bowls. However every bowl that you check and make sure that there is no fly, is permitted. And the fly doesn't forbid any part of the soup through absorbing issur as it is Nosein taam liphgam. All this is indicated in the Sheilos utshuvos Rashba quoted by Bais Yosef lehalacha in yore dea 101:
תשובות הרשב"א בסימן ק"א שאלת קדרה של מרק שנפל בה יתוש ולא נמצא אם פירש מהמרק בכף או בקערה וראה שאינו שם אע"פ שהמרק שבקדרה אסור שאין ביטול לבריה מה שבכף או בקערה מותר או אסור ואת"ל מותר נידון בו להתיר את הקדרה עצמה אע"פ שבלועה מאותו מרק או לא: תשובה ברור הוא שאין הבריה אוסרת בכל מה שהוא מחמת פליטתה אלא מחמת ממשה והוא שתהיה שלימה ושלא נפסדה צורתה הא אם נחתך ממנה אבר או אפילו היא שלימה ונתרסקה ונפסדה צורתה אבד שמה והוי כשאר איסורין ובטלה ומעתה מה שנבדק מן המרק ובידוע שאין בו גוף הבריה כמו שנפל שם מותר ואין כאן משום ספק
If the fly disintegrates after falling in the soup where its not a berie (entire creature which cannot be nullified) and is Nosein taam lifgam (gives a foul taste) so is permissible in a mixture of even more than a 60th (S.A,Y.D. 103,1)
כל דבר שטעמו פגום אינו אוסר תערובתו.
Conclusion: when you separate the soup without checking each bowl the fly which is intact is not nullified.