R. Yosef Kara there writes (there) that this was a particular punishment since it included those unable to walk:
אינה דומה שבייה שהשבויים מוליכים ברגל למוליכים אותה באניות, שהשבייה שמוליכים ברגל מניחין הזקן והחולה והטף והרה ויולדת יחדיו, שאינן יכולין ללכת ברגל, ומוליכין השבייה שיש בהן כח ללכת. אבל השבייה שמכניסין אותן בספינה טף ונשים בחור ובתולה הרה ויולדת הכל מכניסין בה.
Hizkuni (there) follows this explanation, as does the Da'at Z'kenim (there) as well, who writes:
באניות. ויהיו שבים טף ונשים שאם היו מוליכין אותן ברגל לא היו שבים רק הגדולים היכולים ללכת ברגל
In boats: And they would transport children and women. For had they transported them by foot, they would have just taken the adults who could travel by foot.
This is stated by the Paneah Raza (14th cent.) (there) as well.
R. Yitshak Karo writes a different explanation in Tol'dot Yitshak (there). The verse is contrasting the heights to which Israel rose, with the depths to which they would sink. They first crossed miraculously on dry land to freedom, but they would ultimately return in boats in captivity, without miracles.
Alternatively, HaKtav V'HaKabbalah (there) suggests that it means going in mourning (as in Lamentations 2:5).